Сергей Потапов, руководитель проекта по характеристике виромов и оценке вирусного загрязнения озера Байкал, рассказал об экспедиции Лимнологического института Сибирского отделения РАН, прошедшей в июне по всей акватории Байкала, к которой присоединилась и его проектная команда с целью отбора проб виромов. Также научный сотрудник поделился с нами дальнейшими планами научной группы.
Виром — это пул ДНК последовательностей, принадлежащих вирусам, изучение которых поможет оценить вирусное разнообразие и определить, какие вирусы присутствуют, в том числе выявить патогенные и условно-патогенные вирусы.
Нужные образцы для получения виромов отбирали на центральной станции разреза поселка Листвянка – поселок Танхой на научно-исследовательском судне Лимнологического института Сибирского отделения РАН «Г. Ю. Верещагин» с помощью системы батометров, специального прибора для взятия проб воды с различных глубин.
Сергей Потапов пояснил, как именно проходил отбор проб виромов: «Батометры опускаются до заданной глубины, на нужной они закрываются: всего отбирается 21 литр воды с одной станции. С каждого слоя (поверхность, 5, 10, 15, 25, 50 метров) отбирается примерно по 3,5 л байкальской воды и затем смешивается. Таким образом, мы получаем воду со всех слоёв в равном объёме. Затем мы фильтруем пробу через ряд фильтров для удаления крупных частиц, присутствующих в воде, зоо- фитопланктона и бактерий. Для удаления бактерий используем фильтры, диаметр пор которых составляет всего 200 нанометров. В итоге в профильтрованном образце мы получаем в основном вирусные частицы».
Какие важные этапы исследования еще предстоят?
- Концентрирование пробы до 200 микролитров для высокой концентрации именно вирусных частиц.
- Визуализация вирусных частиц в концентрированной пробе на специальном микроскопе, чтобы узнать конечную численность вирусных частиц.
- Выделение ДНК вирусов из концентрированной пробы.
- Секвенирование, которые позволяет получить огромное количество небольших последовательностей ДНК вирусов.
- Проведение биоинформатического анализа полученных последовательностей и сравнение их с базами данных, а также функциональный анализ генов.
- Интерпретация результатов.
Проект стал победителем грантового конкурса «Байкальская инициатива» в 2020 г. О результатах исследования ученые планируют рассказать уже в этом году.
На фото: участник проекта Краснопеев А.Ю. (фото предоставлено Сергеем Потаповым).